A gestão do ex-prefeito de São Luís e atual deputado federal, João Castelo, foi alvo da Controladoria-Geral da União (CGU), durante o período de novembro de 2012 a março de 2013. O objetivo da auditoria foi à aplicação dos recursos destinados a capital maranhense pelo Ministério da Educação entre os anos de 2009 a 2012. O valor fiscalizado foi de R$ 365.586.896,52 milhões.
Em meio ao trabalho de campo realizado pela CGU, foi descoberto que a Prefeitura de São Luís, por meio da Secretaria Municipal de Educação (SEMED), entre os anos de janeiro de 2011 e agosto de 2012, não utilizou adequadamente verbas do FUNDEB na manutenção e desenvolvimento do ensino básico, uma vez que havia profissionais alocados na folha de pagamento que não exercia a função.
No documento, a entidade federal chama atenção para a execução ilícita de convênios mantidos com organizações filantrópicas e comunitárias. Outro ponto destacado foi a emissão de notas frias, contratação de empresas fantasmas, pagamentos por serviços não executados, materiais não entregues tráfico de influência e nepotismo. Tudo isso foi executado com recursos do FUNDEB, que chegou ao total de R$ 1.057.034,00 milhão.
Os auditores da União apontaram, no relatório, que houve irregularidades, sim, nos processos licitatórios e na execução dos contratos de locação de veículos, realizados pela (SEMED), tais como: restrição à competitividade pela inclusão de cláusula com critério subjetivo de julgamento, favorecimento a empresas, e evidências de conluio entre as empresas participantes, com prejuízo de R$ 926.014,00 mil.
Além disso, a Prefeitura de São Luís gastou com 300 mil livros o montante de R$ 10.734.000,00 milhões, gasto esse, segundo a CGU, completamente inútil.
Controle social da sociedade e fiscalização dos órgãos competentes CGU, MPF, MPE, TCE