O Polo de Saúde Indígena de Amarante do Maranhão também esteve na mira do Departamento Nacional de Auditoria do SUS (DENASUS), a pedido do Tribunal de Contas da União. A auditoria teve como finalidade verificar recursos e atendimento à população indígena, além de analisar contratos vigentes.
Durante o trabalho, a equipe constatou não conformidades no funcionamento do Polo Base, as quais comprometem os processos de trabalho, prejudicam o atendimento e contrariam as legislações pertinentes. Dentre elas: estrutura física precária e deficiente; equipes multidisciplinares de saúde incompletas, sem a composição básica, e falhas na disponibilidade de transporte nos casos de urgência emergência.
Além dessas desconformidades, também foram detectadas: falta de mobiliários, equipamentos e instrumentais imprescindíveis ao desenvolvimento do trabalho das equipes nos postos de saúde; inexistência de consultórios odontológicos fixos em funcionamento; estrutura física inadequada para funcionamento da farmácia; fornecimento de água no Polo Base prejudicado pelas instalações físicas do prédio, havendo falta ou deficiência de saneamento nas aldeias indígenas.
A precariedade do Polo de Saúde constatada pela equipe do DENASUS prejudica o atendimento da população indígena de Amarante do Maranhão, que conta com aproximadamente 5.836 indígenas, das etnias guajajaras, gaviões e krikatis, distribuídos por 76 aldeias.